Миколаївський морський порт — один із найстаріших в Україні. 1789 року на лівому березі Інгулу, неподалік від будівлі адміралтейства, в районі нинішнього Дикого Саду, була заснована Вільна Гавань, що стала прародителькою нинішнього морського порту. 1821 через навігаційні складнощі її перенесли в район Попової балки (нинішні Ялти). Торговельним порт став 1 липня 1862 року, коли за клопотанням адмірала Богдана фон Глазенапа височайшим повелінням імператора Олександра II порт був відкритий для заходу іноземних суден. У порту почала функціонувати митниця 1-го класу.
Вже через 13 років, у 1875 році, експортний вантажопотік Миколаївського комерційного порту сягав 184 тис. тонн. Порт продовжував розвиватися, і до кінця 1913 року загальний вантажообіг порту становив понад 2 млн тонн, з яких 80 % — це були сипучі (хлібні) вантажі, а близько 20 % — навалювальні. Основними експортними продуктами були залізна і марганцева руди, а також пшениця, жито, ячмінь та інші сільськогосподарські продукти. До початку Першої світової війни Миколаївський комерційний порт був третім у Росії після портів Петербурга й Одеси за обсягами експортної торгівлі, а за обсягами експорту зерна йому не було рівних серед портів Російської Імперії.
У 1930 на території порту збудували найбільший у Європі елеватор того часу.